Nejstarší období chemie je ve sbírkách zastoupeno kompletní alchymistickou laboratoří. Je zařízena a vybavena vesměs replikami nádobí a nástrojů z konce 15. století, které vznikly v roce 1914 ve Sklárnách Kavalier Sázava, anebo byly vytvořeny Otakarem Zacharem z Kladna. Kolekci tvoří skleněné retorty, alembíky, pelikán, křivule, hliněné nádoby jako aludel, mufle, tégl, inkus, primitivní přístroj na stanovení žáru v peci, destilační zařízení, železné kleště a pohrabáče.
Zařízení pro spektrální analýzu z let 1940 až 1960 zahrnuje spektrometry, spektrofotometry, komparátory, monochromátory, plynové fotometry provenience anglické, NDR a sovětské. Absorpční analyzátory plynů pocházejí z přelomu devatenáctého a dvacátého století a ze sedmdesátých let minulého století, sušárny, vakuové sušárny, termostaty z let 1920 – 1980. Většina optických přístrojů utrpěla značné škody během povodně v létě roku 2002 a bude nutná jejich oprava nebo výměna.
Fond dále obsahuje extraktory, přístroje k laboratorní výrobě svítiplynu, laboratorní sklo včetně odměrných nádob, byret a pipet z období po roce 1890 a kahany z tohoto období.
Kuriozitou je miniaturní laboratoř v papírové krabičce o hranách 120 mm, s miniaturním nádobím včetně kahanu a s nezbytnými chemikáliemi ve skleněných lahvičkách a dřevěných kelímcích z 19.století. Ve sbírce jsou uchovávány polarografy, včetně přístroje systému Heyrovský-Shikata, na němž profesor Heyrovský – vynálezce polarografie a nositel Nobelovy ceny – sám pracoval.
Ve sbírce jsou modely demonstrující chemický průmysl zejména na začátku 20. století. Jsou to modely výroby kyseliny dusičné z ledku (1914) a oxidací amoniaku (1939), koncentrování kyseliny dusičné (1908), výroby syntetického methanolu (1926), výroby kyseliny sírové z pyritu (1920), model acetylénové vyvíjecí stanice, plynárenského peciště se 7 retortami (1887), zpracování vápenatých fosfátů, zpracování kaučuku, extrakce kostí (1914), výroby glycerinu (1926), včetně praní a filtrace. Bohužel při povodni v roce 2002 byla většina těchto modelů značně poškozena a v současné době probíhá jejich nákladné restaurování.