Sbírky cukrovarnické jsou nejstaršími sbírkami muzea. Základem kolekce byly exponáty z výstavy Živnostensko-obchodní komory konané v Praze v roce 1908, které byly postupně rozšiřovány. Nejvýznamnějším exponátem je model cukrovaru z roku 1908 v měřítku 1:10 s inventárním číslem 1, představující typický český cukrovar té doby o kapacitě 500 tun řepy denně. Model je rozpracován do nejmenších detailů a jeho rozměry jsou 8,7 m (šířka), 4,7 m (hloubka) a 3,5 m (výška). Vzorky surovin, meziproduktů a výrobků pocházejí z období ohraničeného lety 1870 až 1890. Z laboratorních přístrojů a zařízení je součástí fondu unikátní sbírka cukrovarnických polarimetrů (asi 20 kusů), v níž nejstarší pochází z doby kolem roku 1860, kolekce laboratorního skla, různé hustoměry, váhy, pyknometry a průtoková měřidla.