Nejstarší období chemie je ve sbírkách zastoupeno kompletní alchymistickou laboratoří. Je zařízena a vybavena vesměs replikami nádobí a nástrojů z konce 15.století, které vznikly v roce 1914 ve Sklárnách Kavalier Sázava, anebo byly vytvořeny Otakarem Zacharem z Kladna. Kolekci tvoří skleněné retorty, alembíky, pelikán, křivule, hliněné nádoby jako aludel, mufle, tégl, inkus, primitivní přístroj na stanovení žáru v peci, destilační zařízení, železné kleště a pohrabáče. Celá kolekce, včetně nábytku a kašírovaných pecí, byla předána Kanceláři prezidenta republiky a je součástí stálé expozice ve věži Mihulka na Pražském hradě, kde spolu s výtvarnými díly ilustruje dobu Rudolfa II.